材料和方法
5名健康志愿者的冷凍糞便樣品（約1.5 g），使用PBS稀釋混勻，4 °C下4,500 rpm離心10 min，去除殘渣，取上清液，再在4 °C下4,500 rpm離心10 min，通過0.45 μm PVDF膜過濾，去除真核細胞和細菌細胞大小的顆粒。然后在4 °C下，180,000 ×g下超速離心3 h，將沉淀懸浮在PBS中，在37 °C下，用DNase和RNase A處理。使用病毒核酸提取試劑盒提取，獲得病毒核酸(DNA和RNA)，并用無RNase水洗脫（圖1）。

圖1 富集病毒顆粒(VLPs)、核酸提取和ONT測序工作流程
 

表S1 5個體提取的DNA/cDNA總量及測序產出

2 ONT測序揭示的健康個體病毒組成

將擴增組數據比對到NCBI病毒數據庫。結果顯示，噬菌體家族占大多數，包括Caudovirals目(siphovirdae科, podoviridae科)，Inoviridae 科和 Microviridae科，與其他研究結果一致。同時，還檢測到真核細胞CRESS-DNA病毒(Genomoviridae科)和植物RNA病毒（包括Virgaviridae 和Alphaflexiviridae）。表明個體特異性可能反應出糞便病毒群落的特性（圖2）。而未培養的噬菌體WW-nAnB菌株3在5個個體的擴增組中均被檢測到。

圖2 每個個體的病毒組成和相對豐度

比較擴增組和原始DNA組結果，除了個體2和5之外，擴增組中病毒的多樣性更高。此外，在5個個體中，2組中常見病毒表現出的變化，證明可檢測到的逆轉錄和隨機擴增方法存在的偏好性。

3 病毒基因組組裝

使用Canu對2組數據中分離出的病毒reads進行組裝，共獲得1564個contigs，每個個體的原始DNA組和擴增組的contigs中位數分別為15和347。將contigs比對數據庫，比對率很低，表明有大量潛在的新基因組。

將分離出的病毒reads比對回contigs，統計比對到最長contig的原始reads長度，并計算原始reads比對到contig的長度比例（圖3）。擴增組中，每個樣本中最長reads長度均大于全長contig的15%，最高可達40%。原始DNA組中，比例較高，少數reads比最終的contigs長（圖3），可能是由于Canu組裝舍棄了部分較低質量reads導致的結果。