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mRNA-Seq:基因結構、表達、功能研究

針對mRNA進行測序和分析。可用于:
結構分析:如從頭構建轉錄本、優化已有基因結構、發現新基因、發現新轉錄本、發現融合基因、鑒定RNA編輯、檢測變異;
表達分析:如基因在各個樣本中的表達定量、樣品間差異表達基因鑒定、基于時間序列的表達分析;
功能挖掘:針對結構分析和表達分析結果進行功能的挖掘,具體方法包括PCA分析、表達模式聚類、共表達網絡構建、富集分析等。








· 建庫測序


承諾采用主流正品試劑和測序儀,承諾更高的數據質量


正品試劑盒

正品耗材

采用 Illunima 、NEB 公司的主流試劑盒進行文庫構建。


Hiseq測序儀

主流測序儀

采用目前最主流的Hiseq系列測序儀進行測序,使測序數據質量更可靠。

堿基質量Q30>80%

更高數據質量

我們承諾堿基質量Q30>80%。

· 轉錄本重構

不同物種,不同方案


發現新轉錄本

模式物種

對于有完善基因組的模式物種,如果除了基因表達,還希望研究基因結構,可以利用轉錄組發現新的轉錄本。

優化基因結構

非模式物種

對于大多數非模式物種,基因組目前還是草圖,除了基因表達,還可以利用轉錄組優化基因結構。

從頭構建

無參考基因組

對于沒有參考基因組的物種,可以利用轉錄組數據從頭構建轉錄本。

· De novo拼接

更少冗余,可靠性評價



Trinity拼接

主流拼接軟件

無參考序列時,我們首先采用目前公認最優秀的軟件Trinity進行拼接。


Corset聚類

去除冗余數據

使用最新Corset軟件對拼接結果進行聚類, 去除約40%的冗余數據。

BUSCO評價

完整性評價

基于OrthoDB同源序列數據庫,對De novo拼接結果的完整性進行評價。

· 功能注釋

全面的功能注釋和分類

UniProt

功能注釋

Swiss-Prot含55萬條手工注釋的蛋白序列;TrEMBL作為其補充,含6500萬條機器注釋的序列。



EggNOG

基因家族

EggNOG是一個orthologous groups數據庫。可以按照基因家族對基因進行分類。



Gene Ontology

功能分類

Gene Ontology分類是基因功能國際標準分類體系。從細胞組分、分子功能和 生物過程三個方面描述基因功能。


Pathway

生物通路

KEGG Pathway收集了大量手工繪制的Pathway, 是目前最主流的Pathway數據庫。

· 差異表達

不限次調整軟件及參數



DESeq2/edgeR

合適的差異軟件

不同項目設計,尤其是生物學重復數目的設計,需要采用不同的差異分析軟件。我們會為您選擇最合適的軟件進行分析。

logFC/FDR

靈活調整

通常采用logFC、FDR兩個參數來篩選差異表達基因,我們會根據項目設計和您的要求,不斷調整參數,直到您滿意。



GO/Pathway/?

富集分析

除了GO和Pathway的富集分析,我們還可以根據您自己構建的分類進行富集分析。

· 定制分析服務

您的科研與眾不同


 

Heatmap繪制及聚類
直觀展示基因的表達模式
參考價格:免費
交付周期:2個工作日
數據要求:基因在各樣品中表達量(FPKM或RPKM等標準化)數據
分析方法:使用R語言繪制熱圖,并基于基因的表達情況對樣品或基因進行層次聚類
 

樣品間相關性分析
評估生物學重復之間的相似性
參考價格:200元
交付周期:2個工作日
數據要求:基因在各樣品中表達量(FPKM或RPKM等標準化)數據
分析方法:使用R包計算樣品間的相關性指標(如皮爾森相關性系數)后,進行繪圖

主成分分析(PCA)
降低數據復雜性,研究樣品于基因表達之間的關系
參考價格:500元
交付周期:2個工作日
數據要求:基因在各樣品中表達量(FPKM或RPKM等標準化)數據
分析方法:使用R包分析并繪圖
 

 
Network作圖
直觀表示基因之間的調控關系

參考價格:500元
交付周期:5個工作日
數據要求:基因間調控關系的對應文件(可使用共表達分析結果)
分析方法:使用Cytoscape軟件繪制Network圖
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